Прямоугольное полотнище с соотношением сторон 1:2, состоящее из трёх горизонтальных полос чёрного, красного и зелёного цветов, разделённых между собой двумя белыми горизонтальными полосами, что делает его похожим на флаг Кении. У древка расположен равносторонний треугольник синего цвета, в центре которого изображена золотая звезда.
Символика
Цвета флага имеют следующее символическое значение:
чёрный — символизирует чернокожее население Южного Судана;
белый — символизирует мир в Судане, для достижения которого было отдано множество жизней;
красный — символизирует пролитую борцами за свободу кровь;
зелёный — символизирует сельскохозяйственный потенциал, представленный плодородной почвой и богатой экваториальной растительностью сельской местности Южного Судана;
синий — символизирует реку Нил, являющуюся основным источником жизни не только для Южного Судана, но также и для территорий севернее, вплоть до Египта.
Звезда является символом единства регионов Южного Судана и «путеводным знаком» для страны и её народа. Весь же флаг символизирует одну нацию чёрных африканцев, объединённых в борьбе за вечный мир и процветание для всего народа Южного Судана